HPV疫苗的副作用多數(shù)較輕微且短暫。常見不良反應(yīng)包括注射部位疼痛、紅腫、低熱等，嚴重過敏反應(yīng)發(fā)生率極低。
接種后24小時內(nèi)出現(xiàn)的局部反應(yīng)屬于典型免疫應(yīng)答。約60%接種者會出現(xiàn)注射部位疼痛，30%可能出現(xiàn)輕微腫脹或瘙癢，這些癥狀通常2-3天自行消退。全身反應(yīng)如頭痛、疲勞、肌肉酸痛的發(fā)生率約20%，體溫升高超過38℃的情況約占10%。
疫苗成分中的佐劑可能引發(fā)暫時性不適。鋁佐劑可能加重局部紅腫，聚山梨酯80成分與短暫性頭暈有關(guān)。這些反應(yīng)多在接種后6小時內(nèi)出現(xiàn)，48小時基本緩解。
嚴重過敏反應(yīng)需特別關(guān)注但極為罕見。每100萬劑接種中約出現(xiàn)1-3例過敏性休克，多發(fā)生在接種后15分鐘內(nèi)。有聚乙二醇或酵母過敏史者風(fēng)險相對較高，接種前應(yīng)詳細告知醫(yī)生過敏史。
特殊人群需注意個體差異。青少年群體發(fā)熱反應(yīng)發(fā)生率略高于成人，妊娠期女性建議推遲接種。免疫功能低下者可能產(chǎn)生抗體應(yīng)答不足，但不會增加副作用風(fēng)險。
疫苗接種后出現(xiàn)持續(xù)高熱、呼吸困難或嚴重皮疹應(yīng)及時就醫(yī)。雖然嚴重副作用發(fā)生率低于0.1%，但接種點通常要求留觀30分鐘以應(yīng)對急性過敏反應(yīng)。
