肝囊腫多數(shù)情況下屬于良性病變且無明顯危害。肝囊腫的危害性主要與囊腫大小、數(shù)量、位置及是否合并感染等因素相關(guān)，通常表現(xiàn)為壓迫癥狀、感染風(fēng)險、罕見并發(fā)癥三類。
體積較大的肝囊腫可能壓迫周圍器官引發(fā)不適。囊腫直徑超過5厘米時可能擠壓胃部導(dǎo)致餐后飽脹感，壓迫膈肌可引起呼吸受限，壓迫膽管可能誘發(fā)輕度黃疸。這類情況通過超聲引導(dǎo)下穿刺抽液可緩解癥狀。
合并感染的肝囊腫可能發(fā)展為肝膿腫。細菌感染時會出現(xiàn)發(fā)熱、右上腹持續(xù)性疼痛，血液檢查可見白細胞升高。需進行抗生素治療，嚴重者需經(jīng)皮引流。糖尿病患者或免疫力低下人群更易出現(xiàn)此類并發(fā)癥。
極少數(shù)情況下肝囊腫可能發(fā)生破裂或出血。外傷或自發(fā)破裂會導(dǎo)致急性腹痛，出血性囊腫可能引起失血性休克，需緊急就醫(yī)處理。多囊肝患者更需警惕這種風(fēng)險，建議定期隨訪腹部超聲。
肝囊腫惡變概率極低，但短期內(nèi)迅速增大的囊腫需排除囊腺癌可能。若影像學(xué)檢查顯示囊壁增厚、內(nèi)部有實性成分或血流信號，需通過腫瘤標志物檢測或病理活檢明確診斷。
