肉蔻四神丸的注意事項主要涉及藥物成分禁忌、特殊人群用藥和藥物相互作用三個方面。該藥由補骨脂、肉豆蔻、吳茱萸等溫補藥材組成，需嚴格遵循中醫(yī)辨證使用原則。
陰虛火旺者禁用肉蔻四神丸。該藥具有溫腎散寒功效，適用于脾腎虛寒所致的五更泄瀉，但手足心熱、潮熱盜汗等陰虛癥狀患者服用可能加重內(nèi)熱。服藥期間出現(xiàn)口干舌燥、牙齦腫痛等上火表現(xiàn)時應(yīng)立即停用。
孕婦及哺乳期婦女需在醫(yī)師指導(dǎo)下慎用。方中吳茱萸可能刺激子宮平滑肌，存在潛在妊娠風(fēng)險；藥物成分是否通過乳汁分泌尚不明確，哺乳期使用可能影響嬰兒。兒童用藥需根據(jù)體重調(diào)整劑量，12歲以下患兒建議優(yōu)先選擇兒科專用制劑。
避免與寒涼性中藥同服。肉蔻四神丸與黃連、黃芩等清熱類藥物同用會降低藥效，與含犀角、石膏的制劑配伍可能產(chǎn)生拮抗作用。正在服用洋地黃類強心藥的患者需間隔2小時以上使用，防止肉豆蔻成分增強強心苷毒性。
慢性腹瀉患者連續(xù)用藥不宜超過2周。若服藥3天后腹瀉無改善，或出現(xiàn)黏液膿血便、持續(xù)腹痛等腸道感染癥狀，需及時就醫(yī)排除細菌性痢疾等器質(zhì)性疾病。糖尿病患者應(yīng)注意輔料中蔗糖含量，每6克丸劑約含糖1.8克。
貯藏時應(yīng)密封避光保存于陰涼處，開封后丸劑易吸潮霉變。服藥期間需忌食生冷油膩，保持清淡飲食有助于藥效發(fā)揮。酒精可能加重吳茱萸對胃腸黏膜刺激，用藥期間應(yīng)避免飲酒。
